O Centro de Pesquisa e Extensão (CEPEX) é um órgão do IMES/FUMESC criado em 2003 e tem por finalidade coordenar todas as atividades de pesquisa e extensão da Instituição.

Podemos dizer que o Ensino diz respeito a todas as atividades executadas dentro ou fora de sala de aula com supervisão de um professor e que sejam previstas na estrutura curricular do curso e em suas respectivas ementas.

As atividades de Extensão visam complementar o conteúdo de sala de aula com outros de conteúdo acadêmico e cultural para formar um profissional que detenha conhecimentos além do previsto pelo projeto pedagógico do curso.

As atividades de Pesquisa visam oferecer aos alunos um primeiro momento de iniciação científica com o fim de preparar os futuros pesquisadores e cientistas do país. Ainda que estas atividades sejam mais comuns em universidades, o IMES/FUMESC oferece-as geralmente de forma opcional aos alunos a fim de que possam continuar seus estudos a nível stricto senso (mestrado e doutorado).

Por ser um órgão, o CEPEX apresenta um coordenador, mas suas atividades são executadas conjuntamente pelos coordenadores dos cursos da instituição e demais funcionários interessados.